Il Centro Linceo Interdisciplinare, istituito il 16 giugno 1971 con delibera delle Classi Riunite, è disciplinato da un regolamento successivamente modificato. La legge n. 593 del 1977 consente il distacco di professori delle Università ed istituti superiori per un triennio non rinnovabile, in numero massimo di dieci unità, al fine di collaborare all'attività scientifica del Centro.

All'attività del Centro è preposto un Comitato di otto Soci, quattro eletti dalla Classe di Scienze Fisiche e quattro dalla Classe di Scienze Morali, che rimane in carica per un triennio. Il Comitato elegge il Direttore del Centro scegliendolo tra i componenti.

Il Centro promuove ricerche scientifiche di carattere interdisciplinare indicate da Soci dell'Accademia; organizza seminari e convegni sia nazionali che internazionali anche in collaborazione con altri enti italiani e stranieri, cura l'eventuale pubblicazione dei relativi atti e può proporre la concessione di assegni di ricerca o di borse di studio a giovani studiosi dalle provate attitudini scientifiche. Gli uffici del Centro sono situati al terzo piano di Palazzo Corsini.